Стипендии от семинарии присуждаются администрацией студентам, обучающимся по программам бакалавриата богословия (B.Th.) и пасторской сертификации  (C.P.S.) на основании их академической успеваемости и с учетом их индивидуальной финансовой ситуации. 

Семинарские стипендиальные фонды недоступны для самостоятельного обучения по программе богословской сертификации (C.T.S.)

Все стипендии присуждаются непосредственно семинарией и до начала осеннего семестра зачитываются в счет оплаты обучения или проживания и питания. 

Поступающие студенты, которые желают быть рассмотренными для получения финансовой помощи, должны подать заявление до 1 мая и указать необходимость в стипендии. 

Продолжающие обучение студенты должны быть зачислены на полный учебный день и оставаться на хорошем счету, чтобы получать стипендию. “Оставаться на хорошем счету" в данном случае означает средний балл GPA выше 3.0 и регулярное посещение ежедневных литургий.

Сумма стипендии, доступная студентам бакалавриата богословия, увеличивается с каждым успешным годом обучения. Зачисление на другие, не зарегистрированные или иным образом одобренные программы, может поставить под угрозу право студента на получение определенных студенческих стипендий.

В честь митрофорного протопресвитера Валерия Лукьянова самая большая и престижная стипендия Свято-Троицкой православной семинарии предоставляет частичную оплату обучения для 1-го – 4-х студентов на каждом курсе программы бакалавриата богословия. Сумма увеличивается с каждым успешно завершенным учебным годом. Чтобы сохранить право на получение стипендии, студент должен поддерживать средний балл GPA 3.0 и оценку по практической литургике выше 80%. 

Имена лауреатов премии начертаны на мемориальной доске, которая находится на постоянной экспозиции в здании им. Николая Александрова.

Стипендия протопресвитера Валерия Лукьянова предназначена для оказания первоочередной помощи в обучении СТДС семинаристам по следующему плану:

• Бакалавр богословия: до четырех студентов на каждом курсе программы бакалавриата имеют право на получение стипендии.
• Магистр богословия: до пяти студентов на каждом курсе магистерской программы имеют право на получение стипендии.

Образовательный Фонд Ивана Кулаева является самой продолжительной стипендией, предоставляемой и вновь поступающим, и продолжающим обучение студентам. Фонд Кулаева предлагает стипендии студентам, нуждающимся в финансовых средствах.

Стипендия имени князя Владимира Голицына была предложена и проспонсирована Попечительским Фондом о нуждах РПЦЗ осенью 2018 года, чтобы помочь одному из студентов новой магистерской программы. Начиная с декабря 2020 года стипендия выдаётся ежегодно и покрывает расходы на обучение в течение полного учебного года.

Мемориальная стипендия в честь капитана 1-го ранга Джорджа Кодреа, [от анонимного донора] составляет половину стипендии за обучение по магистерской программе, предлагаемой ежегодно с 2019 года. Джордж Кодреа - благочестивый румынский православный мирянин, чья служба в качестве морского пехотинца США во время Второй мировой войны была отмечена Военно-Морским Крестом, полученным в битве при Гуадал-канале в 1942 году и медалью ВМФ и Корпуса Морской Пехоты, высшей небоевой наградой, присуждаемой министерством ВМФ США за героизм на Корейской войне.

Эта мемориальная стипендия была учреждена осенью 2021 года донорами из Бостона, штат Массачусетс, в честь Веры Митрофановой Гансон, в свою очередь, в память и наследие ее покойного отца, епископа Бостона Митрофана (Зноско-Боровского) (ссылка на биографию владыки Митрофана).

 Значительное анонимное пожертвование предоставило семинарии начальный капитал для этого фонда, и первоначально степендиату будет выплачиваться стипендия в размере 500 долларов США каждый семестр. Она может быть использована для оплаты обучения, проживания и питания или для личных нужд. Получателем будет студент, который продемонстрирует связь с владыкой Митрофаном, включая знания о его жизни и его проповедях. Кроме того, получатель должен продемонстрировать владение или стремление к беглому владению русским и церковнославянским языками, а также обладать добрым и великодушным характером, которым обладал сам епископ Митрофан. Первая награда будет вручена в весеннем семестре 2022 года, ближе к 20-летию блаженной кончины владыки Митрофана в Великий праздник Сретения Господня в Храме 2/15 февраля 2002 года.

Любой индивидуальный донор или приход, желающий почтить память владыки Митрофана, может сделать пожертвование в этот фонд семинарии, просто указав "Мемориальная стипендия епископа Митрофана" в своем пожертвовании.